Genomica

Group Leader

Mara D'Onofrio

Valeria Manzini
Facilities
Genomica

La Facility di Genomica progetta servizi e prodotti di genomica rivolti alla ricerca scientifica di base e traslazionale con tecnologie innovative, operando in modo interdisciplinare in diverse aree della biologia, biotecnologia e medicina, con focus sulle Neuroscienze. Il know-how tecnologico viene applicato allo studio di meccanismi genetici ed epigenetici che sottendono le malattie. L’obiettivo é lo studio dei complessi meccanismi molecolari all’origine di disfunzioni cognitive, come eventi precoci di processi neurodegenerativi, e l’identificazione di biomarcatori di malattia e target terapeutici innovativi.

I progetti e le prospettive scientifiche della Facility di Genomica si concentrano su:

 

  • Caratterizzazione di pathway molecolari di malattia, con particolare interesse per i meccanismi che intercorrono tra il Fattore di Crescita Nervoso (NGF) e le malattie neurodegenerative.
  • Identificazione di target terapeutici innovativi nell’ambito del dolore cronico a fronte degli effetti osservati a seguito del trattamento con anti-TrkA e anti-NGF in modelli di dolore neuropatico.
  • Analisi trascrittomica in biofluidi di pazienti con malattie neurodegenerative (malattia di Alzheimer, di Parkinson e parkinsonismi) per l’identificazione di biomarcatori precoci.
  • Competenze interdisciplinari, sperimentali e cliniche, per una diagnostica differenziale più accurata e precoce in prospettiva di una medicina di precisione.

Le competenze acquisite consentono di contribuire alla realizzazione ed al supporto di proposte progettuali Nazionali, Europee ed Internazionali in modo significativo.

La Facility di Genomica propone alla Comunità Scientifica tecnologie innovative e servizi genomici high-throughput grazie a un variegato portfolio di prodotti e competenze:

 

Biologia Molecolare

 

  • Estrazione di DNA/RNA da cellule, tessuti, microvescicole; 
  • Valutazione qualitativa e quantitativa degli acidi nucleici (DeNovix, Bioanalyzer Agilent 2100) 

 

NGS (Illumina)

 

  • Costruzione di librerie per sequenziamento di ultima generazione (anche protocolli low-input);
  • DNA-Seq, RNA-Seq, micro RNA Seq

 

Microarray su piattaforma Agilent Technologies

 

  • Profiling e analisi di espressione differenziale di mRNA, microRNA ed altri RNA non coding
  • Ibridazione genomica comparativa (array CGH) 

 

qRT Real Time- PCR (AriaMix, Agilent Technologies)

 

  • Disegno e ottimizzazione di saggi TaqMan e SybrGreen
  • Misure e analisi di Espressione Genica Differenziale 
  • Espressione di miRNA profiling
  • Validazioni di target di interesse ottenuti da esperimenti di RNASeq, miRNASeq 

 

Misure di Biomarcatori

su liquido cefalo-rachidiano (CSF) e sangue per le malattie neurodegenerative, condotte mediante metodo di Chemiluminescenza (CLEIA) con apparecchio Lumipulse G600II (Fujirebio):

  • Beta-amiloide 1-42;
  • Beta-amiloide 1-40;
  • Tau totale; 
  • p-tau
  • IL-6

 

Analisi dei dati

 

La Facility applica e propone procedure pre-analitiche standardizzate al fine di armonizzare i risultati ottenuti, nell’ottica di identificare validati criteri internazionali di utilità clinica. Conduce le attività in stretta collaborazione con la Facility di Bioinformatica EBRI, diretta dal Dott. Ivan Arisi, per analisi, integrazione dati e sviluppo di modelli matematici da grandi dataset.

Selected Publications

 

Pandolfini L, Barbieri I, Bannister AJ, Hendrick A, Andrews B, Webster N, Murat P, Mach P, Brandi R, Robson SC, Migliori V, Alendar A, D’Onofrio M, Balasubramanian S, Kouzarides T (2019) METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation. Mol Cell. Apr 19. pii: S1097-2765(19)30269-2. doi: 10.1016/j.molcel.2019.03.040. Full Text

Terrigno M, Busti I, Alia C, Pietrasanta M, Arisi I, D’Onofrio M, Caleo M, Cremisi F. Neurons Generated by Mouse ESCs with Hippocampal or Cortical Identity Display Distinct Projection Patterns When Co-transplanted in the Adult Brain. Stem Cell Reports. 2018 Mar 13;10(3):1016-1029. doi: 10.1016/j.stemcr.2018.01.010. Epub 2018 Feb 15. Full Text

D’Onofrio M*, Arisi I*, Brandi R*, Malerba F, Paoletti F, Storti AE, Fulvio Florenzano, Luisa Fasulo and Cattaneo A (2014) proNGF/NGF mixtures behave as a new ligand in the NGF-regulated transcriptional response in PC12 cells”. BMC Neuroscience 2014 Apr 8;15:48. doi: 10.1186/1471-2202-15-48. Full Text